Potencialna škoda čistil za motor je v njihovi močni sposobnosti raztapljanja. Če lastniki vozil pretirano uporabljajo čistila za motor, lahko to povzroči poškodbe notranjih tesnil motorja in telesa cilindra. Poleg tega, če po čiščenju v motorju ostane precejšnja količina ostankov čistila motorja, lahko to vpliva na ravnovesje komponent olja, kar vodi do poslabšanja delovanja olja.
Čistila motorja so učinkovita za vozila z malo prevoženimi kilometri in blagim nabiranjem ogljika in blata v motorju. Če jih dodamo pod takšnimi pogoji, imajo lahko čistilni učinek z odstranjevanjem ogljikovih usedlin in blata, izboljšanjem pretoka novega olja, znižanjem temperature in hrupa motorja, izboljšanjem mazanja in zmanjšanjem obrabe, s čimer se podaljša življenjska doba motorja.
Vendar pri vozilih z veliko kopičenjem umazanije čistilni učinek dodajanja čistila za motor morda ne bo zelo opazen. Med postopkom čiščenja lahko ponovno sproščanje in kroženje umazanije povzroči zamašitev prehoda za olje, slabo mazanje ali celo zasuk ležaja. Zato bi morali lastniki vozil oceniti pogoje uporabe svojega vozila, preden se odločijo, ali bodo uporabili čistilo za motor.
Kar zadeva vzdrževanje motorja, je ključnega pomena, da se lastniki vozil držijo urnika vzdrževanja, določenega v njihovem priročniku za uporabo, in izvajajo redno vzdrževanje. Pravočasna zamenjava ali dolivanje motornega olja je ključnega pomena in če filter kaže znake zamašitve, ga je treba nemudoma zamenjati, da preprečite notranjo kontaminacijo in pospešeno obrabo motorja.
